俺の好きな子はクローン少女だった？！

主人公の俺　奈良岡真一は二つ年下の浅井優衣ちゃんと一緒に、俺の父親が所長を務める研究所で、とんでもない光景を目にしてしまった。
それはむき出しになった脳にプローブを埋め込まれたクローン達の姿。
父親の話では、ヒューマノイドの人工頭脳を開発するための人体実験で、政府の管理下で行われているとの事だった。
そのクローン達が、一人の少女の指揮の下、反乱を起こし、人権の獲得、この国の国民となる事を要求してきた。
政府はこの要求をのむふりをしながら、国民への登録申請をした社会に散らばるクローンたちを拉致していた。
そして、俺の大好きな優衣ちゃんも、実はクローンだったのだ。
そのクローンであった優衣ちゃんを拉致ろうとやって来た政府の者たち。
そこには野党側が罠を仕組んでいた。その罠に激怒した政府は俺の家族までも拉致して、全てを闇に葬る作戦に打って出てきた。
巨大な力を持つ政府に対抗するため、俺たちは父親の研究所に侵入し、ヒューマノイドを指揮下においた。
この力を背景に政府を揺さぶり、俺は家族たちを取り戻したのだが、ついに政府は兵たちを派遣してきた。
ヒューマノイドの指揮者である優衣ちゃんに向けられる銃口。俺はそれでも優衣ちゃんを守る！