繫がれしもの、その時

世界から消えてしまった日本に、希望を捨てずにいる者達が築いた場所が存在した。もう日本とは呼ばれない陸上に、第四区域と記されたその場所にひっそりとそびえ立つ。それがサーヴェラス本部だった。日本政府が極秘に開発した、巨人型改新兵器に乗るために一人の男が誕生したことから全てがはじまっていた。イーリスのパイロット訓練生として、何も知らずにサーヴェラス本部に入った風早千尋という少年こそが、その男から受け継がれる運命にあることから物語が動き出す。千尋は幼いころから、周りの人間と自分との間に違和感を覚えてならなかった。当然人間関係も上手くなかった。しかしそんな千尋にも、たった一人心を許せる友人である歩という幼馴染がいた。彼もまた、千尋と同じサーヴェラス本部のパイロット訓練生だった。千尋は自分と対称的な彼を、まるで自分に足りないものを補うかのようにして引き寄せていった。行われた空中戦の試験中に千尋が意識を失うことから、千尋の運命は大きく変わることになる。千尋はなんとか助かるが、意識を戻したのは、ほとんどの人が知る事のない、本部の地下深層部だった。そして目を覚ました千尋を待っていたのは、自らをクローン人間だと名乗る年齢不詳の少年、七矢だった。千尋はその少年の口を通して、日本の過去や秘密を知る。そして彼の招きによって、今でも地下深層部に眠る巨人型改新兵器テルースの存在を目の当たりにすることになる。そこに千尋の信頼する人も現れて――！？
次々に明かされる自分の知らない過去と未来。そして自分が小さい頃から抱いていたあの違和感も自ずと暴かれることになる。話の流れで、巨人型兵器を動かすことが出来るのは今は自分しかいないと知った千尋は、自分に関わる大切な人たちを想って、自分は乗るべきなのかと独り悩み苦しむ。千尋は絶望を乗り越え、大切なものを守るために、一体何と繋がるのか？　一人の男からはじまったというその人物とは？
「僕はみんなの未来を守りたい……」
後戻りの出来ない時間の中で、千尋が選んだ道とは――？
全てはこの時のために――今物語がはじまる。