しょくいくして！　―あなたを美味しくいただきます！―

主人公・大地総司は今年高校１年生になったばかり。彼は中学時代に、写真家で狩猟家の父親と世界中のあちらこちらを旅して自然の動植物を食べてきた。しかし流れ者のような生活を心配した母親の勧めで、都下にある真命高校に入学することになる。入学した彼は早速中学からの友人・日良雀美に再会して振り回されたり、新しい変な友人・削生兵太に出会う。

父親と二人で「自然の生き物を食す」ことをモットーとしている彼は、父親の持ってくる珍妙な自然の食材を父子二人の男手で料理しなければならない。料理の腕を磨くために部活として家政部を選んだ彼は、不思議な少女・亀沢雫の導きもあって入部する。その彼を追いかけるように、王虎美奈というボーイッシュでカッコいい同級生の女子生徒が入部、何故か彼に近付こうとする。

主人公は料理の事をより深く知る為に、「進化の声」というレストランでアルバイトを始める。そこで「神が食べる料理」とまで呼ばれる料理を出すシェフ・神味刀子と出会い、厳しい指導を受け修行を続けて行くうちにそこで行われる異様な〝特別な夕食会〟を目撃する。その食事会に参加していた同じ高校の超絶世美女の同級生・龍崎由樹も彼に近づいてくる。
家政部部長・鯨海寛子、副部長・由比香美などの家政部の面々や顧問の霧咲先生など、多くの人物たちが彼の学生生活に交わったとき、彼に大きな脅威が迫る。

次々と現れる『覚醒者』、それを迎え撃つ同じ『覚醒者』の龍崎由樹と王虎美奈。

なぜ彼は狙われるのか？
『覚醒者』とは？
『覚醒者』たちが求めるものは何か？

〝料理〟という切り口を通して、欠かす事の出来ない食べ物と人の関係を見つめながら、生きていく為に何が大切なのか大地総司は知っていく。その結果彼は、人間と地球の関係の修復という重責を担う予感を得る。そのキーワードはタイトルにあり、その言葉の持つ意味に主人公は最後にたどりつく事になる。