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　鹿児島県の離島で、島原・天草一揆を率いた益田四郎の子孫として益田瑞貴は生まれる。
　その地ではクロ宗という隠れキリシタンを由来とする密教が信仰されていて、キリスト教が禁教だった時代から益田の一族はクロ宗の要として集落の中で護られ、迫害されぬように隠されて生き続けてきた。
それから現代に至るまで、出生届を出すこともなく、無戸籍のままでクロ宗を守るためだけに生きて生涯を終えるのが慣例となっていた。益田の一族が集落の外に出ると良くないことが起こるという言い伝えもあり、瑞貴の母も外の世界の男に誑かされて島の外に出ようとし、神罰を受けて亡くなったと信じられていた。
瑞貴は両親について知らないまま生きてきたが、あるとき父親と思しき男の手掛かりを見つけて、会いに行くために島の外に出る。
瑞貴は外の世界で出会った清水洸と互いに好意をもって、洸の家で同居生活をする。
外の世界で暮らして二ヶ月半がたったころ、洸が持っていた龍泉寺淵の本がきっかけとなり、自らの父が著名な推理作家、龍泉寺淵だったことを知る。
龍泉寺淵は取材旅行で出会った瑞貴の母と恋におちて、やがて瑞貴をもうけるが、島内で交通事故を起こして瑞貴の母とともに亡くなっていた。
清水洸との結婚を認めてもらうべく単身で島に戻った瑞貴は、クロ宗の司祭であり、伯父である大倉恭一から強硬な反対に遭う。
恭一は戸籍のない瑞貴が外の世界で生きていくことなどできないと告げて、恭一の息子である蒼海との結婚を強制し、瑞貴は蒼海とともに閉じ込められる。
瑞貴の理解者で、もともとクロ宗の在り方に疑問を持っていた蒼海は結婚を拒み、父親である恭一を説得しようとする。その過程で瑞貴は、母と龍泉寺淵が亡くなったのは、司祭を補佐する橋口誠志の祖父が車に細工をしたためだったと知る。