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　冬の京都の町に、はるばる群馬県の高崎からある依頼を受けて盲目の巫女『布施美夜子』がやってきた。その依頼とは「伏見の稲荷社をお護りすること」。
　明治の廃仏毀釈運動によって伏見稲荷から取り払われた『愛染寺』。それは職能集団の手によって上野の国高崎まで運ばれて、再び立て直されていた。美夜子はそこから派遣された『祓い巫女』であった。

　同じ頃、武蔵国国立にはもうじき高校を卒業する『等々力観名』がいた。実家の事情で、高校を卒業すると祖父の神社に巫女として就くことが決まっているのだ。なので、観名はすでに人生が詰んだような諦めの気持ちで残り少ない高校生活を送っていた。

　伏見の稲荷社、京の民衆の信頼と欲望に支えられて１３００年が経つ。その間何度となく焼失しているが、民と巫女と修験者と、それに神霊の働きで再びよみがえってきた。
　しかしそこには多くの因縁と怨念がからみつき、１０００年の時を経て強大な怨霊となって２１世紀の伏見稲荷に今襲いかかった。

　奇妙な事情で京都までお使いに出された観名は、美夜子と出会って巨大な『野狐祓い』の神事に巻き込まれる。