ベルファート皇国とギヴァダ帝国が大陸を二分して戦争を続けている時代に、マキナという人型生物兵器が生み出された。人と同じ思考能力、外観、高い身体能力、体の構造をそのマキナ固有の形に変化させて特殊な力を持った武器とする機能を持つマキナは、特殊な処置を施された人間、デウスから、エクスと呼ばれる感情のこもったその人物の特定の行動を受けることで戦う力を発揮する。主人公のリオンは、マキナであったが、失敗作として破棄されたロストナンバーたった。処置に失敗し、感情と過去の記憶を失ったデウス、ウィルドと共に、リオンは失踪した科学者、リギシアを探す旅をしていた。マキナを創りながらその関連技術を闇に葬り失踪したリギシアなら、ウィルドの過去や自分たちが何者なのかを知っていると考えていた。立ち寄った街でベルファート皇国側のデウス、ラーグとそのマキナ、カイと出会い、同じリギシアを探すという目的が一致したため行動を共にすることになる。ラーグたちと打ち解けた翌日、仲間と合流するという地点でギヴァダ帝国側の最強のマキナ、オメガと遭遇し、戦闘。ラーグ達の仲間であるマキナ、ゼータとそのデウス、エオローの合流により撃退し、先へ進む。エオローの持っていた情報によりリギシアのもとへ辿り着く。ウィルドがリギシアの孫娘であること、ウィルドの病を治すための技術開発でマキナが生まれたこと、リオンが全てのマキナを滅ぼすためのマキナであること、マキナを生み出した経緯や過去を悔い、マキナを人へ戻す研究をしていることを知る。そこへ襲撃してきたオメガと敵兵を相手に応戦、全ての力を解放したリオンがオメガを倒して物語は収束。ラーグたちはリギシアが死んだと報告すると言ってその場を去る。リオンはウィルドと共に、彼女に感情が戻る日を待ちながら、新たな旅に出ることにした。
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