ブラック企業にようこそ！

田舎村で妹と過ごしていたアークは、雇い主が村から逃げ出したことで無職になってしまった。探しても新しい職はなく、困ってしまったアークだが、友人のラルゴからとある求人について知らされる。それは村の奥にひっそりと潜む魔術師からということだった。森の中、ひっそりと存在する小さな家屋。その中にいたのは黒色が印象的な少女だった。少女、クロは人間のような外形をしてはいるが、世界を誕生から見守る神様の娘――『七人の魔女』のうち、黒い魔女を自称した。魔法が世界に浸透した世界で、クロが神様に与えられた力は“科学”。けれど、世界には一切の科学が広まってはいない。それはクロが『科学という技術を広めることに失敗した』からだった。そのせいで黒い魔女といえば、蔑視の対象となっている。科学を一切浸透させることができなかった世界で一人孤独に存在している少女。科学という未知の技術、技術を語るクロの純粋な笑顔に、アークは興味を惹かれていく。二人は雇用という関係で、結ばれることになった。
　二人は科学、ひいては黒い魔女の汚名を晴らすために奮闘を誓った。