Desperado Wizards

明治維新を成し遂げてから十年後、東京を守護する徳川魔方陣が妖魔の手によって破壊された。妖魔が民間人を襲撃する事態に内務卿・大久保利通は英国の妖術組織『闇乃翼(ウイングオブダーク)』で修行している元徳川隠密剣士の有馬総介に帰国命令を下した。
闇乃翼の仲間であるロバートを引連れて帰国した総介を待っていたのは闇乃道化師が和泉邸の家主・仙一郎を襲撃するという犯行予告だった。仕事を受けた総介たちは魔方陣の中心地・紅葉山へ向かうと女陰陽師・桜宮沙那と出会った。
久しい再会だが沙那は憂鬱だった。それは政府専属占術師・バロムが魔方陣を破壊して新たな結界を張る計画を明かしたのだ。結界を破壊することで日本が厄災を招くことを憂いた桜宮一門は政府を糾弾するも逆賊の汚名を着せられた。この事態に困窮した一門は彼女に形見を託して集団自決を果たした。
家族を追窮した政府に憎悪を抱く彼女の心情に総介は心痛した。それは自分の父も戊辰戦争で亡くしたトラウマと佐那の気持ちが重なったのである。そして犯行予告日の深夜、妖術士の二人と佐那、更に和泉家の執事である大田原と警官隊が邸内に結集した。