第十三科学系戦術師団

〈狭間〉を巡る攻防で任務に就いていたタケトは敵の奇襲に遭い部隊壊滅の危機に晒されたところを第十三科学系戦術師団のエリスに助けられる。しかし、敵の囮作戦により、陽界へ取り逃がしてしまう。
一方、陽界では春日高校に通う桜井拓磨が、本日も遅刻をかけデッドヒートを繰り広げていた。
本日も遅刻が確定した拓磨は、堪忍袋の緒が切れた千紗に別れを告げられ、打ちひしがれる。
そんな拓磨をを遥か遠くから見つめる少女。
「あり……得ない」と呟くとその場を後にする。
次の日、すっかり傷心した拓磨が帰宅中、何者かにさらわれる。
先ほどの少女、エリスに師団入隊を迫られるが、当然拓磨は拒否する。
そこで、周りすべてエリスの部下という理不尽な状況での多数決という暴挙に出たエリスによって拓磨は師団入隊が決定する。
一度は逃亡を図るが、逃げ切れず、逆にエリスに救われることに。
こうして、拓磨の少しおかしな師団生活が始まる。
一方、常に冷静沈着であり、その的確な判断で師団を常勝へと導いていたエリスは、何故か拓磨に対しては感情を抑えることが出来ず、自分を持て余していた。
その、わずかな隙を敵に気付かれ、第十三科学系戦術師団は史上初にして壊滅的な打撃を受ける。
そんな中、ある決意をするエリスを前に、拓磨もまた心を決めるのであった。
１０年前に起こった、ある、小さな出来事に決着をつけるために……