ハイブリッド・ジーン

芦屋堅吾は、埼玉県佐山市に住み私立創英学院に通う高校一年生。彼は喧嘩沙汰に明け暮れる日々を過ごしていたが、九月のある日同級生という田中姉妹から、その原因となった母の死にまつわる記憶を甦らせる為、試作中の装置を試す事を持ちかけられ、日曜日、芦屋家を訪れる約束をする。そんな折、地球を遠く離れた銀河系の片隅より、地球人類と変わらぬ容姿の異星人達もまた来訪する。実は田中姉妹もその同類であり、来訪者達の所属する帝国と対立する勢力、連合に所属し、十数年前地球に飛来した帝国の輸送艦（湖に沈む）の回収を命じられた軍人であった。帝国を出奔してきた来訪者達と芦屋家で遭遇、あわや殺傷沙汰という所を、堅吾の介入で事なきを得る。来訪者達はアルマエロとプリヌフと名乗り、堅吾の母親、美真名の知り合いだと自己紹介する。堅吾の父堅一郎は、驚く風もなく来訪者達の話を聞き、妻の残した装置を渡し日本語を覚えさせる。その際プリヌフの不躾な発言に堅吾は怒り、翌朝芦屋家を再訪し堅吾に謝罪、その際に二人は堅一郎に招かれ、美真名の残した報告書により地球に漂着した経緯を知る。そして彼女が地球人に殺害されその犯人が未だ逮捕されていない事、犯人の目撃者が堅吾である事など堅一郎から語られる。扶桑電気未来マテリアル研究所に出勤した彼に代わり、帰宅した堅吾が二人に夕食を振る舞い、田中姉妹との話し合いのセッティングを依頼され、会談が持たれた。アルマエロ達は田中姉妹の通信設備を借りる事、田中姉妹は湖底の輸送艦に関する情報を入手する事で合意、プリヌフは連合内の協力者に報告を行う。輸送艦の情報を渡す為、アルマエロは堅吾と共に輸送艦内に立ち入り、そこで美真名の愛機、機甲騎士クロイスパイアヌⅠー０００８を目にする。これを操縦しないかと持ちかけられた堅吾とアルマエロの、機甲騎士操縦訓練が始まった。そんな折、アルマエロ達を捕捉する為の艦隊が派遣されたとの情報に触れ、アルマエロ達と田中姉妹は迎撃の意志を固め、芦屋家でミーティングを重ねる日々の中、堅吾は母親殺害の犯人を思い出す。それは堅一郎の部下であり、その自宅を不意討ち、逮捕に到る。堅吾は機甲騎士のパイロットとなる事を決意し、決戦の日曜日となった。殆どの住人が気付かぬうちに宇宙戦争は勃発、堅吾達は艦隊を撃退する。アルマエロ達は、来るべき次の戦いに備え、月で準備を整えるのであった。