あの後、彼女は宙(そら)を舞った

東京都内でOLをしている主人公の|外川(とがわ) 美沙はある日、実家にいる母親より幼馴染の訃報を聞き、葬儀に参列する事で学生時代に仲の良かった友人との再会を果たす。
葬儀が終わって数日後、亡くなった幼馴染より美沙宛てに一通の手紙と本が届けられる。
その本は日本各地の神社について描かれた本であり、そこに同封された手紙を読む。すると、衝撃的な内容が書かれており、手紙と一緒に同封されていた形代よりテンマが現れる。
彼はこれまで、幼馴染の直子と共に神社巡りをしていた付喪神で、巡るにあたってのサポートをするという。
半信半疑ながらも、直子の死の真相を知るために神社巡りを開始する。一方で、美沙は自分が自動車の免許を持っていない事やテンマの助言もあり、葬儀の際に再会した友人らにも相談。すると、一緒に巡る事を承諾してくれ、以降かつての友人達と共に神社巡りをしながら幼馴染の死の真相を探るべく奔走する事となるのであった。