電脳系数ヲタ巫女の東京・地下鉄コンプリートガイド

東京の地下に眠る〈ロートの追憶〉を巡って、少女たちの想いが交錯する物語。

【ハルとモジャコ】
祖父の願いを引き継ぎ、ロートの追憶を守るため〈追憶のカケラ〉を探すハル。モジャコはそんなハルを、大切な友達として支え、助ける。
【リグナ】
かつてロートの追憶を強奪しようとした〝ルジェ〟が地球に持ち込んだ、ヒト型機械兵の少女。廃棄されようとしていた。救ってもらった恩に報いようとハルの味方になる。
【コルヴェナ】
ロートの追憶を手に入れるため、再び地球にやってきた〝ルジェ〟の少女。しかしその背後に暗躍する影から、決して本意ではないことがうかがわれる。
【デッサ】
コルヴェナに従うヒト型機械兵。リグナを裏切り者として執拗に追うものの、「旧式」として嘲るリグナに圧倒されていく。そして少しずつ、リグナの強さの理由を知ることになる。

キーワードは幾何学と数式と地下鉄、そして遠い記憶。

ハルは最初、ルジェが持ち込んだヒト型機械兵であるリグナを信じることができない。本当の力を解放する方法を知っても躊躇してしまう。しかし後手に回って陥った窮地から救ってくれたのは、その疑っていたリグナ。

「信じられずに後悔するくらいなら、騙され欺かれて後悔したほうがいい」

それに、リグナを信じたいというのが嘘偽りのないハルの気持ちだ。
ハルは覚悟を決め、モジャコに託す。

ふたりの絆はなによりも強い。
それはちょっとしたきっかけから生まれたことなのだけど。
いつのまにか長い一日になっていても、モジャコは変わらずハルを助けてくれる。

リグナに敗北したデッサはやがて〝黒幕〟たる人物に操られ、コルヴェナを急襲する。
ハルはそれをいち早く気づき、モジャコとリグナは間一髪でコルヴェナを救うことになる。
正常化したデッサは、ようやく「旧式」であるリグナに敵わない理由を知って敗北を認め、そして、それでも自分を信じてくれるコルヴェナを支えつづけることを誓う。

協力を約束した四人は、ロートの追憶を守るため新宿へ向かう――。